高效液相色谱仪主要有进样系统、输液系统、分离系统、检测系统和数据处理系统 ， 下面将分别叙述其各自的组成与特点 。
1.进样系统 一般采用隔膜注射进样器或高压进样间完成进样操作 ， 进样量是恒定的 。 这对提高分析样品的重复性是有益的 。
2.输液系统 该系统包括高压泵、流动相贮存器和梯度仪三部分 。 高压泵的一般压强为l.47～4.4X107Pa ， 流速可调且稳定 ， 当高压流动相通过层析柱时 ， 可降低样品在柱中的扩散效应 ， 可加快其在柱中的移动速度 ， 这对提高分辨率、回收样品、保持样品的生物活性等都是有利的 。 流动相贮存错和梯度仪 ， 可使流动相随固定相和样品的性质而改变 ， 包括改变洗脱液的极性、离子强度、PH值 ， 或改用竞争性抑制剂或变性剂等 。 这就可使各种物质(即使仅有一个基团的差别或是同分异构体)都能获得有效分离 。
3.分离系统 该系统包括色谱柱、连接管和恒温器等 。 色谱柱一般长度为10～50cm(需要两根连用时 ， 可在二者之间加一连接管) ， 内径为2～5mm ， 由"优质不锈钢或厚壁玻璃管或钛合金等材料制成 ， 住内装有直径为5～10μm粒度的固定相(由基质和固定液构成).固定相中的基质是由机械强度高的树脂或硅胶构成 ， 它们都有惰性(如硅胶表面的硅酸基因基本已除去)、多孔性(孔径可达1000?)和比表面积大的特点 ， 加之其表面经过机械涂渍(与气相色谱中固定相的制备一样) ， 或者用化学法偶联各种基因(如磷酸基、季胺基、羟甲基、苯基、氨基或各种长度碳链的烷基等)或配体的有机化合物 。 因此 ， 这类固定相对结构不同的物质有良好的选择性 。 例如 ， 在多孔性硅胶表面偶联豌豆凝集素(PSA)后 ， 就可以把成纤维细胞中的一种糖蛋白分离出来 。
另外 ， 固定相基质粒小 ， 柱床极易达到均匀、致密状态 ， 极易降低涡流扩散效应 。 基质粒度小 ， 微孔浅 ， 样品在微孔区内传质短 。 这些对缩小谱带宽度、提高分辨率是有益的 。 根据柱效理论分析 ， 基质粒度小 ， 塔板理论数N就越大 。 这也进一步证明基质粒度小 ， 会提高分辨率的道理 。 再者 ， 高效液相色谱的恒温器可使温度从室温调到60C ， 通过改善传质速度 ， 缩短分析时间 ， 就可增加层析柱的效率 。