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1857年（咸丰七年）石达开受猜忌带领大军负气出走， 脱离天王指挥 。 自天京事变及翼王出走后， 洪秀全虽然掌握了朝政大权， 太平天国却开始走下坡 。
洪秀全重用陈玉成、李秀成诸后起良将， 自兼军师， 又采取减赋和加强宗教宣传等措施， 渡过难关 。 1863年（同治二年）冬， 天京为清军围困， 粮尽援绝， 洪秀全拒绝李秀成突围的建议， 固守天京 。 同治三年四月病卒 。 所著诗文及诏旨、文告等多收入《太平天国》(中国近代史资料丛刊之一)及《太平天国史料》等书中 。
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韦昌辉对于杨秀清主管国事不服气， 表面上唯唯诺诺， 毕恭毕敬， 实际上心里早就暗藏杀机 。 1856年（咸丰六年）下， 杨派韦“督师”江西， 韦昌辉屡战屡败， 因为惧怕惩处， 随领兵3000偷偷回京， 奔赴天王府求情 。 洪秀全斥责说道：“遣尔往援庐州， 何得擅回， 罪当诛 。 ”韦昌辉走投无路， 遂孤注一掷， 突袭东王府， 杀东王府以及其部署两万余人 。 石达开从湖北回到天京， 斥责韦昌辉滥杀无辜 。 韦昌辉又欲加害石达开 。 石达开逃到天王府， 韦昌辉兴兵攻打天王府 。 石达开连夜出逃， 韦昌辉杀其全家老少 。 石达开逃到武昌后， 兴兵四万讨伐韦昌辉 。
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韦昌辉滥杀无辜激起民愤， 天王下令“合朝同心”， 将韦昌辉处死， 首级送石达开 。 事变后， 洪秀全追封杨秀清为“传天父上主皇上帝真神” 。 将自己的第五子过继给杨秀清， 将其被害之日定为“东王升天节” 。 要臣民们“代代莫须忘” 。
清军开始进迫天京， 在陈玉成和李秀成等人支撑下， 太平军在数年间阻止了清军的很多攻势 。 1859年（咸丰九年）， 族弟洪仁玕抵达天京， 洪秀全大喜， 封仁玕为军师、干王， 总理天国朝政 。 由于洪仁玕未有立功而封王， 洪秀全怕其他人不服， 再次分封异姓王 。 后来洪秀全分散诸王权力， 开始滥封王爵 。
1861年（咸丰十一年）间， 英国海军提督何伯与参赞巴夏礼到天京， 向洪秀全提出以事成后平分中国为条件， 协助太平天国打败清朝 。 洪秀全态度坚决， 断然拒绝英国人的建议， 在维护国土完整和主权方面， 态度明确和坚定 。 英国人见无法从太平天国那里获得利益便转而支持清朝 。 清朝为镇压太平军于是勾结洋人， 出卖国家利益 。
1862年（咸丰十二年）， 陈玉成英勇就义后， 曾国荃率湘军又进逼雨花台围困南京城， 形势急转直下， 天京附近据点逐一陷落 。 洪秀全晚年， 思想保守， 陷入了宗教迷信 。 李秀成知道天京难以久守， 向洪秀全建议放弃天京， 转战中原， 被洪秀全拒绝 。 面对困境， 洪秀全没有采取适当的对策， 却向将士宣称将有天兵下凡， 驱走清兵 。 其后太平天国的苏、浙基地均被湘军和淮军攻克， 南京城外营垒亦尽陷敌手 。 洪秀全其时已患重病， 他拒绝了李秀成的弃城出走建议， 期望上帝降奇迹赐福于太平天国从而战胜清军 。 但随着天京的防务日渐危急， 洪秀全的幻想终告破灭 。
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1864年6月1日（同治三年四月二十七日）， 洪秀全去世 。 其子洪天贵福继承其位 。 其臣属用锦绣绸缎包裹他的遗体， 藏在宫内， 秘不发丧， 十余日后方宣之于众 。 7月19日（六月十六日）， 天京（今南京）陷于清军， 太平天国首都被攻入， 太平天国灭亡 。