1、第1部：邪用不胜正 。
【神兵小将大结局】2、虽然所有神兽都失去了本性，可是在孩子们与自己曾经的神兽作战的同时，问天收到了玉龙国女元首的启示：友谊 。孩子们把深受们恢复本性后 ， 用“团结天晶”打败了天地盟主 ， 救出女元首 。女元首封问天等人为“神兵小将” 。
3、第2部：共创友爱的世界 。
4、玄天邪帝把大家分散后，虽然大家的“援兵”打败了面前的敌人，但是一闪具有原始天魔的邪恶力量的大门挡住了他们帮助问天的去路 。无奈之下，只有靠问天自己的实力 。但是，援兵大百足在牢笼里救出了玉燕，并从地下钻出来让玄天邪帝变成原来的玄天圣帝 。可是 ， 因为玄天邪帝不相信玉燕的话，大百足不幸受伤 。问天知道“天晶双剑可以破玄天邪帝”，突然想到自己心里的好兄弟——影子问内天 。问天与影子问天一容起打败蛛魂，恢复了玄天邪帝的记忆 。战争后，玄天圣帝向玉燕忏悔，玉燕也把灵剑双子、牛郎、武勇加封为“神兵小将” 。