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近年来，土木工程发展迅速，开始向交通运输工程、材料科学与工程、环境科学与工程、工程力学等领域拓展，享誉国内外。学院教学与科研并重，设有大型结构实验室、预应力实验室、力学实验室、水力学实验室、结构力学实验室、环境工程实验室、计算机与CAD中心室和力学实验中心，用于教学和科研。拥有国内历史悠久、专业馆藏丰富的土木工程图书馆和资料室。
建筑学是东南大学的传统强势学科。它成立于1927年，是中国成立的第一个建筑系。它有很强的力量。国内建筑系常用教材有近三分之一是东大编写的，建筑学国家重点学科东南大学占三分之一。尤其是在中国古代建筑史上，东南大学的地位是其他院校无法比拟的，在国内一直处于领先地位。教学中实行教授负责制和导师负责制，使学生在大一就有机会向博士生导师和院士学习，形成了鲜明的特色。
信息工程是东南大学的一大骄傲。2006年1月，东南大学研制出中国第一颗符合3G移动通信技术规范的芯片，宣告中国跻身世界移动通信强国之列。现在，国家下一代移动通信技术(4G)发展项目的总体负责人是东南大学无线电工程系的游晓虎教授。未来五年，东南大学将建设移动通信国家实验室。这将成为中国移动通信与世界其他通信强国竞争的最重要阵地。
电子科学与技术专业是培养宽口径的电气人才。学生可以在大四以后根据自己的兴趣爱好和对各个学科的理解，在学校选择电气工程的任何专业，因材施教。
计算机科学与技术形成了引领计算机网络和数据库技术研究与应用、带动整个学科发展的特色，完成了一大批国家和省重要科研项目，获得了较多的国家和省科技进步奖，为国家和地方经济和信息化建设做出了贡献，成为国内特色明显、学术水平较高的计算机系。
生物医学工程是东南大学依托传统优势学科发展交叉学科和边缘学科的成功创新。他们的数学和数学系的知识深度和难度差不多，电子的课程可以和电子系的相比。而且他们还要在医学院学习一年的医学知识，真的是样样精通。经过这几年的努力，东南大学的生物医学工程学科已经处于国内同学的领先地位。
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