经营方式不同、两者扣点不同、利润来源不同 。
经营方式不同 。京东自营店是京东商城自己独自运营的店铺，自己进货，自己经营 。京东直营店则是京东商城将一部分店铺以出租的形式给第三方经营，叫非自营店 。而京东只是负责提供一个双方买卖的平台，其他的品牌商进来的店铺 ， 叫京东自营店 。
【京东直营店跟自营店有什么区别】两者扣点不同 。第三方店铺京东的扣点不多，也就是说商家的利润多些，随之而来的就是流量也不多 。销量不容易上去 。
利润来源不同 。商家把产品提供给京东自营，供货价不高，等于把零售利润出让了一部分给京东 。换来的是流量大 ， 可以上他们的各种活动，销量当然也很大 。也就是说商家通过供货给京东自营 ， 损失了一部分利润，换来了产品的高曝光率和销量 。

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