公元7世纪 ， 阿拉伯人建立起帝国 ， 开始对外扩张和传播伊斯兰教的步伐 。 公元663年 ， 波斯地区被占领 ， 在阿拉伯人的影响下 ， 波斯人和阿塞拜疆人改信了伊斯兰教 。
阿拉伯帝国兴起后 ， 西亚、北非及高加索的大部分民族都皈依伊斯兰教 ， 但亚美尼亚人则是个例外 。 阿拉伯帝国灭亡后 ， 后来的波斯萨法王朝、奥斯曼帝国等伊斯兰势力频繁染指亚美尼亚地区 ， 到公元16世纪 ， 亚美尼亚被奥斯曼和波斯瓜分 。
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其中 ， 包括纳卡地区在内的“东亚美尼亚”被波斯占领 ， 纳卡地区被纳入波斯的一个行省 。 奥斯曼则占据了黑海沿岸地区的亚美尼亚西部 。
波斯和奥斯曼都是伊斯兰国家 ， 因此信仰基督教的亚美尼亚人成了伊斯兰势力的眼中钉 。 在当时 ， 阿塞拜疆人主要生活在里海沿岸的平原地带 ， 而亚美尼亚人主要生活在高加索的山区 ， 为了打压异教徒亚美尼亚人 ， 波斯鼓励同样信仰伊斯兰教的阿塞拜疆人移居到西部山区 。
经过数百年迁移 ， 在平原向山地过渡的地带（纳卡地区） ， 阿塞拜疆人逐渐取代亚美尼亚人 ， 成为了当地的主要民族 。
沙俄的民族分离政策让高加索地区民族矛盾加剧
从17世纪开始 ， 随着当时沙俄的崛起对高加索一带进行了扩张个控制 ， 他们威力寻求南下扩张势力 ， 沙俄开始向黑海和里海及高加索一带扩张 ， 这一带当时是奥斯曼和波斯两大帝国的领土 ， 因而战争不可避免地发展了 。 在经过了六次俄土战争 ， 沙俄夺取了黑海北部的克里米亚半岛、以及格鲁吉亚一带；又从波斯人那里夺取高加索地区和里海 。 东亚美尼亚地区和北阿塞拜疆地区就被波斯人割让给沙俄 。
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要取得一个地区的稳定统治最有效的方法就是民族分离 ， 通过激化矛盾让这个地区的不同民族互相仇恨然后让自己渔翁得利 ， 沙俄就是这么做的 。 沙俄在当时的高加索为了打压阿塞拜疆人就选择扶持和自己信仰一致的亚美尼亚人 。 他们在纳卡地区驱逐阿塞拜疆人鼓励亚美尼亚人迁入 ， 经过几百年的移民 ， 原本阿塞拜疆人占多数的纳卡地区就变成了以亚美尼亚人为主的地区 。
对于纳卡地区来说 ， 从亚美尼亚人看来 ， 我们很早就生活在这里 ， 而阿塞拜疆人才是后来移民者；而阿塞拜疆人则认为这里是我们几代人生活的地方 ， 应该属于阿塞拜疆人 。 这两个民族的矛盾就由此而产生 。
苏联时期的民族政策激化了当地的民族矛盾
当时的沙俄由于封建农奴制得到保留 ， 农奴主和农奴之间的阶级矛盾尖锐 ， 国内的民族成分和宗教成分纷繁复杂 ， 导致民族宗教矛盾也十分尖锐 。 因此当时沙俄国内革命不断 ， 高加索地区的人们也开始了轰轰烈烈的独立运动 ， 但都遭到了沙俄的镇压 。 1914年一战开始 ， 参加协约国的沙俄由于战争国内经济面临崩溃 ， 社会矛盾激化 ， 终于导致了十月革命的爆发建立了苏维埃政权 ， 成立第一个社会主义国家 。 此时的外高加索三国（亚美尼亚、阿塞拜疆和格鲁吉亚）在苏俄“帮助”下建立苏维埃政权 。 并在1922年 ， 亚美尼亚、阿塞拜疆和格鲁吉亚以加盟共和国的身份加入苏联 。
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外高加索地区民族宗教成分复杂 ， 苏联当时却并没有处理好该地区的民族矛盾 ， 反而有激化趋势 。 1921年 ， 苏当局以民族自决为由将纳卡地区划归给亚美尼亚 。 然而 ， 考虑到苏联西南部面临着土耳其等伊斯兰势力 ， 并为了安阿塞拜疆 ， 又把纳卡划给阿塞拜疆 ， 成为“阿塞拜疆苏维埃共和国”的一个自治州 。 这次划分引起了当地亚美尼亚人的强烈不满 ， 也为苏联解体后亚阿两国的争端埋下伏笔 。