单基因分析+简单实验，就可以发表6分+( 二 ) _健康小知识

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图5
为了确认EEF1E1的临床意义，从国际癌症基因组联盟（ICGC）数据库（https://dcc.icgc.org/）的项目中提取并获得了肝细胞癌队列（包括202个正常对照和243个肿瘤标本）的基因表达谱。结果表明，高低EEFIE1表达组总生存概率差异显著。根据临床蛋白质组学肿瘤分析联盟（CpTAC）（https://cptac-data-portal.georgetown.edu/datasets）的标准化数据，分析了330例肝细胞癌和旁组织。结果表明，高EEF1E1蛋白的总存活概率显著低于低EEF1E1蛋白。
04EEF1E1表达与肿瘤免疫微环境
采用免疫细胞算法（ssgsea）评估EEF1E1与免疫细胞的相关性，发现EEF1E1与多种免疫细胞显著相关，包括细胞毒性细胞、DC、巨噬细胞、中性粒细胞、TFH、Th17细胞、Th2细胞、TReg等。

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图6
此外，作者比较了免疫细胞的富集评分与EEF1E1的高表达和低表达。结果表明，高表达EEF1E1的细胞毒性细胞、DC、中性粒细胞和NK细胞的富集分数显著低于EEF1E1低表达的细胞毒性细胞、DC（图6 ， 7）。
为了验证上述生物信息学分析的免疫细胞浸润情况，采用新开发的多重免疫组织化学技术测定2例肝细胞癌浸润的免疫细胞。对辅助性T细胞标志物（CD3、CD4）、CD8T和PD1进行了研究，发现EEF1E1蛋白水平与CD3、CD4、PD1呈正相关，与CD8呈负相关。

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图7
05EEF1E1表达与EEF1E1/ATM/P53通路有关
通过基因共表达分析和基因关联分析分析EEF1E1表达与p53通路的相关性。研究发现， EEF1E1在HCC中的表达水平与ATR、ATM、Tp53、FAS、MDM4、GAS8、CDKN2A、CCNE1、CCNE2和CDK6显著相关（图8A、C）。 PPI和Cytoscape分析结果表明， EEF1E1可能是p53信号的上游基因，并通过调节ATM介导p53通路（图8B）

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【单基因分析+简单实验，就可以发表6分+】图8
作者进一步通过免疫组织化学检查了两例HCC中EEF1E1 ， ATM ， p53和CASPASE3的表达。发现EEF1E1、ATM、p53和CASPASE3在肝癌组织中的表达显著高于邻近组织。此外， EEF1E1在HCC细胞的细胞质和细胞核中表达，主要在细胞质中表达，而ATM和p53在HCC细胞的细胞核中表达。

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图9
小编总结
这是一篇单基因肿瘤生信分析文章，补充了简单的免疫组化验证。
作者首先在几个肿瘤数据库中调查了EEF1E1在肿瘤和正常样本之间的差异表达。结果显示EEF1E1mRNA和蛋白质在HCC和癌旁组织中高表达。 EEF1E1可作为肝细胞癌的独立预后标志物，与肝细胞癌的免疫侵袭有关，可通过EEF1E1/ATM/p53信号参与肝细胞癌的发生和进展。进一步的免疫浸润分析显示， EEF1E1过表达增加细胞毒性细胞、DC、巨噬细胞、中性粒细胞、NK细胞、TFH、Tgd、Th17细胞、Th2细胞和TReg 。此外，在HCC中， EEF1E1表达与p53信号传导密切相关。
然而，这些结果是基于数据分析的。作者采用免疫组化和multipex免疫组化进行了初步验证。综上， EEF1E1可能在肿瘤免疫中起重要作用，是HCC患者的潜在预后生物标志物，并可能参与EEF1E1/ATM/p53信号通路。
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