学术前沿：我国科学家发现新的食管鳞状细胞癌诊断和预后标志物食管鳞状细胞癌（ESCC）占全球

食管鳞状细胞癌（ESCC）占全球食管癌病例的80% ， 5年生存率<30% ，主要临床表现包括进行性的吞咽困难、吞咽时疼痛、体重减轻等。在中国，每年约有350,000人死于ESCC 。大多数食管癌病例是在晚期诊断出来的，影响患者的日常生活，包括他们的饮食能力。在早期治疗这种疾病通常比晚期治疗预后更好，但目前缺乏有助于早期检测和/或准确预后预测的有效生物标志物。

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2022年2月25日，中国医学科学院/北京协和医学院林东昕，吴晨及温州医科大学苏建忠共同通讯在SignalTransductionandTargetedTherapy（IF=18）在线发表题为“Multi-omiccharacterizationofgenome-wideabnormalDNAmethylationrevealsdiagnosticandprognosticmarkersforesophagealsquamous-cellcarcinoma”的研究论文，该研究比较91个ESCC和匹配的相邻正常组织的全基因组甲基化位点，该研究确定了35,577个差异甲基化CpG位点(DMC)并表征了它们的分布模式。整合相同样本的全基因组DNA和RNA测序数据，该研究发现了多个失调的转录因子和已识别的DMC的ESCC特异性基因组相关性。
使用特异DMC ，该研究开发了一个具有高精度的12标记诊断面板，以及一个区分高危患者的4标记预后面板。体外实验验证了4个标记宿主基因的功能。这些结果共同为异常DNA甲基化在ESCC发展和进展中的重要作用提供了额外的证据。总之，该研究基于DMC的诊断和预后对ESCC的临床护理具有潜在价值，为开发用于未来非侵入性癌症检测方法的靶向甲基化测定奠定了基础。

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【学术前沿：我国科学家发现新的食管鳞状细胞癌诊断和预后标志物】食管鳞状细胞癌（ESCC）占全球食管癌病例的80% ， 5年生存率<30% 。在中国，每年约有350,000人死于ESCC 。在早期治疗这种疾病通常比晚期治疗预后更好，但目前缺乏有助于早期检测和/或准确预后预测的有效生物标志物。异常的DNA甲基化在癌症的发生和发展中起重要作用，并已被研究用于获得包括ESCC在内的多种人类癌症的诊断/预后生物标志物。对于癌症检测，差异甲基化CpG位点(DMC)被认为优于其他遗传特征，因为它们具有起源组织和癌症类型的特异性、癌变过程中的早期出现以及固定样本和体液随时间推移的相对稳定性。
最近的一项临床研究证明了DMC标志物在处理循环无细胞肿瘤DNA(cfDNA)时的优越性。为了寻找潜在的基于DMC的标记，在大量样本中进行无偏见的全基因组筛选至关重要。早期的工作通常集中在少数异常甲基化的基因上，而不是进行全基因组搜索。最近的研究要么忽略了基因组和转录组学背景，要么在不同的患者组中对其进行了研究，这可能是由于缺乏匹配的多组学数据。尚未对中国ESCC患者进行大规模甲基化组检测。

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对全基因组DNA和RNA测序数据的综合分析揭示了甲基化介导的ESCC中多个TF的失调（图源自SignalTransductionandTargetedTherapy）
在之前的研究中，研究人员对91名中国ESCC患者的匹配肿瘤和邻近正常组织样本进行了全基因组测序和RNA测序。在本研究中，继续分析相同样本的全基因组DNA甲基化，并将DMC与各种基因表达改变以及ESCC特有的体细胞和生殖细胞变异相关联。基于这些结果，该研究开发了一个由12个启动子/基因体DNA甲基化CpG位点组成的诊断模型，可在多个患者组中将ESCC与邻近组织或正常食道区分开来。