病毒|中疾控周报：北美来的邮件是如何导致本土奥密克戎聚集传播的变异|样本|毒株

中疾控周报(CDC Weekly)最新一期披露了一起可能由北美邮寄文件导致的新冠奥密克戎变异株北京聚集传播案例。
中疾控周报近日刊登了《2022年1月北京一起可能由国际邮寄文件引起的新冠Omicron新冠变异毒株传播》。论文披露， 1月15日，北京一名26岁女性(病例A)因为疲劳和发烧两天，来核酸检测点进行新冠核酸检测，结果呈阳性。当地疾控中心随后对该结果进行了复核。此外，基于qRT-PCR的快速位点突变检测显示：该女性感染的新冠病毒携带Q498R突变， L452R、T478K缺失和P681R突变。这表明该患者感染了新冠病毒Omicron变异毒株。
在接下来的7天内，病例A的5名密切接触者筛查呈阳性，包括她的母亲(病例B)、同事(病例C ，也是指示病例)和病例C的三名家庭成员(病例D、E和F) 。
北京疾控中心随即进行实地调查以确定感染源。病例A在北方某市高校云集区域生活和工作，没有外出旅行史，也没有与本地或输入的高危人群密切接触。进一步调查显示，该病例因工作需要，会不定期收发国际邮递来的文件。
值得注意的是，该病例于1月11日(发病前2天)收到了一份国际邮寄的文件，该文件于1月7日从海外寄出，到达该市后文件的外包装进行消毒。当地疾控共采集了1054个环境样本，其中22个样本为该病例收到的国际邮件。
qRT-PCR显示22份样本中有12份SARS-CoV-2的ORF1ab/N基因片段检测呈阳性，其中2份取自包装外表面， 2份取内包装，另外8份取自内部文件纸上。此外，快速位点突变测试表明所有12个阳性样本都携带Q498R突变，表明这是Omicron变异株。
全部6个病例的呼吸道样本和12个环境样本，包括内包装和病例A未触及的内含纸，共收集到了六个完整的病毒基因组。总体而言，由于病毒载量低，从环境样本中获得了1个全基因组和1个近全长基因组，覆盖率为88.8% 。
测序分析得出结论：整个病毒属于BA.1谱系，即Omicron 。此外， 7个全基因组和1个近全长基因组共享100%的核苷酸相似性。系统发育分析表明，该病毒位于2021年12月中旬在北美和东南亚采集的部分毒株簇附近，与同期中国的局部簇存在显着差异。
【病毒|中疾控周报：北美来的邮件是如何导致本土奥密克戎聚集传播的】这是北京首个由Omicron变异株引起的本地集群感染。Omicron变异株于2021年11月9日首次报道，并被世界卫生组织(WHO)列为关切变异株(VOC) 。截至2022年2月1日，该变体已在170多个国家/地区发现，并已成为全球主要新冠变异毒株。
这项研究的一个显著发现是该聚集感染的可能来源是国际邮件。中疾控周报称，提出感染源是国际邮寄文件，主要基于以下证据：实地调查显示，除了国际邮寄的文件外，该病例没有潜在的暴露风险，发病间隔为2天。所有发现的病例都与病例A有流行病学联系。环境监测从包装内文件中发现了新冠病毒阳性样本，其中部分页面的阳性样本未被病例A触碰。更重要的是，病例A感染的新冠变异毒株基因组与从邮寄文件中收集的样本相匹配，并与当时中国其他新冠变异毒株不同。
值得注意的是， 1月17日北京市疾控中心副主任、全国新型冠状病毒肺炎专家组成员庞星火曾在发布会上通报海淀区新冠肺炎确诊病例的溯源情况。庞星火表示，病例自述近期曾收发过国际邮件。该国际邮件于1月7日自加拿大发出，途经美国及中国香港到达北京，病例于1月11日收到邮件。