研究者们发现，一些药品在中标后的使用率反而比集采之前更低。在该院第一批带量采购政策执行中，中选品种只有施贵宝的原研药福辛普利、厄贝沙坦/氢氯噻嗪片数量有所增加，其余中选品种使用量不升反降；同时，未中选药品数量呈增加趋势。该论文分析，可能的原因包括：带量采购政策宣传力度不够，患者对价格低廉的降压药，接受程度不高；同一药品的生产厂家或者规格发生了变化，使之前长期固定使用某些厂家/规格药品的患者难以接受。
上海市卫生和健康发展研究中心主任金春林此前就担心，集采价格下降得有点太厉害了，可能会造成供应不上或是质量问题等不可持续的情况。
国家组织药品联合采购办公室专家组组长章明在回顾带量采购时曾总结，集采在落地执行环节，要做到四个确保：确保中选药品的质量、确保中选药品的供应、确保中选药品的回款、确保中选药品的使用。这几个方面正是集采风险控制的核心，不过，在实践中，带量采购也遇到了药品断供、机械执行采购量等问题。
在2019年河南省的带量采购试点扩围中，恩替卡韦片的中标企业为北京百奥药业，与润众同样规格，但中标价更低，为5.5元。但是，9月17日，河南省公共资源交易中心公告，百奥的恩替卡韦片在河南省多次出现配送率低等供应问题，2021年5月至6月更是出现停产、断供等问题，且均未提前告知集中采购机构及采购单位，对患者的临床治疗秩序造成严重影响。
2020年初，第二批带量采购开标时，治疗糖尿病的经典用药拜唐苹中标，每盒从61.29元降到5.42元，降幅超90％，成为当时外企参与中国集采的典型案例。拜唐苹的药品通用名叫阿卡波糖片，这款由德国拜耳公司原创研发的药物，自1995年进入中国以来，已连续多年占据国内糖尿病药市场份额首位。
除了拜耳，同时中标阿卡波糖的还有四川绿叶制药，其中，拜耳获得了山西、辽宁、广东、湖南、山东等省份的市场。据媒体报道，从2020年开始，就有地方出现拜唐苹紧张的情况。2020年，山东《齐鲁晚报》曾报道，大批药贩子、糖友跨省来鲁抢购拜唐苹，然后以3盒50元、50盒600元等不同的价格对外出售。
6月29日，云南省政府采购和出让中心发布关于《增加部分国家集采药品补充供应企业的申报公告》，针对厄贝沙坦、阿卡波糖、盐酸二甲双胍、阿莫西林4个品种，进行补充供应企业申报。也就是说，拜耳的拜唐苹在云南的供应也无法满足需求。
拜耳公司对此解释说，拜唐苹在云南第一个协议年度的集采协议量约为75万盒，因为产品的原研质量保障及低廉的集采价格得到市场的认可，最终首年实际供应率约为协议量的4倍，但仍有部分市场需求未被满足。而云南省卫健委此前接受媒体采访时也表示，拜唐苹因质优价廉，相比市场其他品牌降糖药具有更高性价比，或因此使该药短期内出现多地供不应求的情况。
卡着指标开药
日本安斯泰来公司的前列腺系统药物哈乐（盐酸坦索罗辛缓释胶囊）是一款过专利期的原研药物。在2020年8月的第三轮国家集采中，安斯泰来策略性地放弃了竞标，转为零售渠道。在浙江省一家三甲医院，一位泌尿外科医生发现，这种药在医院开不到了，“基本上我们原来用的好的品牌药，整个医院就没有了。”这是一个普遍现象：集采过后，很多医生在院内开不出集采以外的药品了。
2018年底，加入辉瑞之后，医药代表吴雨馨在北京一家大三甲医院代理的是该公司一款术后镇痛药特耐（注射用帕瑞昔布）。2018年，该药品的竞品凯纷（氟比洛芬酯注射液）进入集采，当时，连同中标与不中标产品，大约8种竞品一同在该院竞争。

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