monocle2，visor _经验分享

monocle 拟时序分析拟时序分析指的是根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况，构建细胞谱系发育。
这个时间并不是真的时间，而是一个虚拟的时序列，是指细胞与细胞之间的转化和演替的顺序和轨迹。
monocle是我们经常用的拟时序分析工具，可以使。
【monocle2，visor】

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实验记录9:Monocle包的使用方法参照官网教程： http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#getting-started-with-monocle或在R中运行以下命令：Monocle是用于分析single-cell RNA-seq的R包，能够将细胞按照模拟的时间顺序进行排列，显示。
实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析【Introduction】Monocle介绍了使用RNA-Seq进行单细胞轨迹分析的策略，能够将细胞按照模拟的时间顺序进行排列，显示它们的发展轨迹如细胞分化等生物学过程。
Monocle从数据中用无监督或半监督学习获得这个轨迹。
无监督：利。

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monocle3 的安装采用devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')进行安装在安装时出现报错rgdal的报错，把这个问题解决了，在进行devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3') 安装。
安装的问题太多了，还好。