六神丸是家庭常备良药之一，具有清热解毒、消肿止痛等功效，具易服、高效、速效等特点 。近几年来，通过药理研究，发现六神丸还有强心、抗惊、镇静与增强免疫力等作用 。
不过，六神丸中含有一定量的毒性物质，长期服用会导致严重的副作用 。这些毒性物质主要指其中的蟾酥和雄黄两味药物，其中蟾酥含有与强心苷结构相似的蟾蜍毒素，使用不当易导致心律失常；雄黄主要含有硫化盐成分，长期大量摄入会导致心、肝、肾脏的功能损害 。
另外，六神丸还含麝香等成分，能引起子宫收缩，故孕妇禁用 。
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