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经典狂犬病毒的分子流行病学（四）
——大型学术专著《狂犬病（Rabies）》最新版选译
第5章分子流行病学（Molecular epidemiology）
作者：Susan A. Nadin-Davis
加拿大渥太华：加拿大食品检验署，渥太华Fallowfield实验室。
（Canadian Food Inspection Agency, Ottawa Laboratory- Fallowfield, Ottawa, ON, Canada）
5.4狂犬病毒的分类（Lyssavirus taxonomy）
5.4.1 丽沙病毒属的物种（Lyssavirus species）
5.4.2 狂犬病相关丽沙病毒（lyssaviruses）的分子流行病学
5.4.3.经典狂犬病毒（RABV)的分子流行病学（一）－（三）
5.4.3.1全球分布世系（Cosmopolitan lineage）－（1）－（3）
5.4.3.经典狂犬病毒（RABV)的分子流行病学（四）
5.4.3.2 非洲2世系（ Africa 2 lineage ）
5.4.3.3 非洲3世系（ Africa 3 lineage ）
5.4.4.4 北极/北极样世系（Arctic/Arctic-like lineage）
5.4.3.2非洲2世系（Africa 2 lineage）
非洲2世系（Africa 2 lineage）包括一组与狗相关的狂犬病毒（RABV），目前在撒哈拉以南的西部和中部非洲广泛传播。据估计，这一世系出现在过去200年，并在整个非洲大陆缓慢地从东向西传播，在这个过程中产生了多个区域限制性变种。已详细研究了狂犬病毒在特定国家,如布基纳法索(Burkina Faso)、马里( Mali)和加纳(Ghana)的流行，评估了与狗相关的非洲1世系和非洲2世系RABV在整个非洲大陆的系统发生和系统发生生物地理学现状。
5.4.3.3非洲3世系（Africa3lineage）
独特的非洲3世系（Africa3lineage）包括一组已知在南非、博茨瓦纳和津巴布韦的猫鼬中传播的病毒，尽管其真实范围可能扩展到非洲其他地区。虽然黄猫鼬（yellow mongoose）是这些病毒在南非的主要宿主，但它们也经常在各种灵猫科（viverrid）物种(如津巴布韦的果子狸)中被报道，这可能有助于病毒的维持。这一世系的变种具有高度的遗传异质性和很强的地理分区特征。有人认为猫鼬和犬科生物类型相关的病毒表现出不同的进化动力学，有证据进一步支持这一观点，即非洲3世系，以及与亚洲白鼬獾（Asian ferret badgers）相关的病毒，进化速度是与狗相关的变种的4倍，这可能体现了这些病毒对宿主的适应。
5.4.3.4北极/北极样世系（Arctic/Arctic-likelineage）
这一世系，最初被简单地指定为北极世系，在历史上被认为仅局限于北美(加拿大和美国阿拉斯加)、格陵兰和俄罗斯，特别是西伯利亚的北极和温带地区的红狐和北极狐种群，偶尔有可能是来自俄罗斯的动物借助浮冰冒险入侵遥远的挪威斯瓦尔巴特群岛（Svalbard archipelago）。
增加北极样(Arctic-like，AL)世系的名称是为了承认其扩大的地理范围延伸到温带以南的许多地区，现在看来，在向北和向西传播产生真正的北极分支之前，这个分支出现在亚洲的某个地方。目前，该世系被分为三个主要的类群，不同的研究者对这三个类群的定义有所不同。
【流行病学|经典狂犬病毒的分子流行病学（四）】真正的北极分支（arctic clade）进一步划分为4种不同的类型，A1到A4，它们表现出不同的时间和空间分布。A1只在加拿大南部发现过;A2在阿拉斯加以及俄罗斯的欧洲北部地区和法兰士约瑟夫地群岛（Franz Josef land）地区被发现，A3分布于北美整个北纬地区和格陵兰岛，而A4仅限于阿拉斯加州，并根据地理位置再细分为两个不同的分支。
另一组通常被称为北极样1 (AL1)世系，包括来自阿富汗、巴基斯坦、伊朗、尼泊尔、不丹、蒙古、孟加拉国和印度大部分地区的分离毒株，该组进一步细分为地理上局部的分支。
最后一组通常被称为北极样2(AL2)世系，主要分布在韩国、蒙古以及西伯利亚和俄罗斯的周边地区;这种类型也存在于在1950年代根除狂犬病之前的日本。