环形RNA（circRNA）是一类共价闭环的单链RNA ， 细胞内大多数circRNA是由mRNA前体的外显子通过反向剪接形成 。 除反向剪接位点（BSJ）外 ， circRNA在序列上与其同源的线形RNA在一级序列上完全一致 ， 因此 ， 在研究circRNA功能时如何将其与同源线性RNA的功能区分开来是领域中的一个难题 。
近日 ， 中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲在Nature子刊NatureProtocols上发表了题为：ScreeningcircularRNAswithfunctionalpotentialusingtheRfxCas13d/BSJ-gRNAsystem的论文 。 该论文详细介绍了团队近期建立的基于CRISPR–Cas13技术的circRNA筛选新方法 。
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基于CRISPR–Cas13技术的环形RNA功能筛选流程
2020年12月7日 ， 陈玲玲、杨力、李劲松团队合作 ， 在NatureMethods期刊发表了题为：ScreeningforfunctionalcircularRNAsusingtheCRISPR–Cas13system的研究论文 ， 开发了一种基于CRISPR-Cas13d的筛选工具 ， 能够快速筛选和发现功能性circRNA 。
该研究开发并优化了CRISPR–RfxCas13d ， 通过gRNA靶向circRNA的反向剪接位点（BSJ） ， 可有效区分circRNA与线性mRNA ， 能够特异性敲除靶标环形RNA ， 而不影响其同源线性RNA的表达 。
基于该技术 ， 研究团队构建了靶向人类高表达circRNA的反向剪接位点序列的慢病毒文库 ， 使用该筛选文库 ， 研究团队发现了一组对细胞生长、胚胎发育等有重要作用的功能性circRNA 。
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基于CRISPR–Cas13在circRNA功能研究上的技术突破 ， 陈玲玲团队受NatureProtocols期刊邀请详细介绍该技术的实验方法和流程 ， 以期推动该技术在circRNA功能研究领域的应用 。
在该实验方法中 ， 研究团队详细描述了针对circRNABSJ位点的gRNA文库设计和构建 ， RfxCas13d稳定表达细胞系构建 ， 细胞水平和体内水平的功能性circRNA筛选以及筛选结果的计算分析流程等等 。 同时还对实验过程中可能遇到的问题以及注意事项进行了详细阐明 。 该方法不仅为circRNA的功能研究提供助力 ， 也为深入理解circRNA奠定新的技术基础 。 中科院分子细胞卓越中心原副研究员李斯琪、副研究员乌皓为论文共同第一作者 ， 陈玲玲研究员为论文通讯作者 。 （来源inature）返回搜狐 ， 查看更多
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