经过疫情防控的历练|基因测序，让你认识不一样的新冠病毒让你认识不一样的疾控人经过疫情防控的历练

【经过疫情防控的历练|基因测序，让你认识不一样的新冠病毒让你认识不一样的疾控人】经过疫情防控的历练，核酸检测大家应该耳熟能详。但基因测序可能鲜为人知。
究竟什么是基因测序？基因测序在新冠疫情防控工作中能起到什么样的作用？它的重要性又体现在哪里呢？为了更深入地了解基因测序工作，让我们走近基因测序组的队员，将病毒“解剖”得更细。让你认识不一样的新冠病毒、让你认识不一样的疾控人。
“我们中心疫情防控检测组承担着全省新冠病毒基因测序工作。省内各市、州核酸检测机构确认阳性且病毒载量较高的样本，省疾控中心都将进行新冠病毒基因测序工作。通过检测新冠病毒的全基因组序列，再将这个序列通过算法与数据库中的数据进行比对，可以初步判断该份样本地域来源。将序列与既往病例序列进行比对，如果序列在同一进化树分支上，则可以判断这些病例来自同一传播链或传染源” 。疫情防控检测组组长、微生物实验室主任兰光给我们介绍以上情况的时候也是刚从实验室出来不久，忙了一下午，还没顾得上吃饭，打回来的饭菜已经凉透了……
“我们整个溯源流程包括了样本的准备、文库的构建、测序和生物信息学分析等步骤，每个步骤之间都要求工作人员做到无缝衔接” 。

文章图片
“目前实验室检测出来的所有阳性标本都会进行全基因组测序，测序工作结束以后，对序列进行分析，然后将它的序列跟最早武汉一些早期病例的序列做一个对比，分析它的突变类别，基本上可以分析出来是哪个型，比如我们最后确定“德尔塔”型就是通过测序分析出来的。病毒基因序列测定完成后，还要马上进行生物信息学分析，将病毒序列与数据库中的序列进行比对，查看有无变异位点，进行同源性比较。同时也跟其他省的一些病例进行对比分析传染的来源、途径，对后期的防控可以起到一定的指导意义。在完成数据比对后，还要及时撰写溯源报告。现在二代测序的结果最快15小时左右就出数据了。得到的数据我们要继续做序列的分析，同时把原始数据传给国家疾控中心，国家疾控中心用这个序列跟近期各省的病例做了一个对比，把分析的结果再反馈给我们。 ”

文章图片
李保娣，病原生物实验室副主任技师，先后获得“流行季H7N9防控工作先进个人”“甘肃青年五四奖章”“甘肃省卫生健康行业优秀青年人才”等荣誉称号。在此次新冠肺炎疫情防控中，冲锋在现场采样、实验室检测、现场技术指导工作的第一线，和战友们一起通宵达旦，全力以赴地开展新型冠状病毒的核酸检测工作，发挥省级疾控中心一锤定音的作用。本次新冠肺炎疫情发生以来，李保娣她们第一时间赶赴嘉峪关支援开展全员核酸检测工作，在完成25000余份标本核酸检测任务后，又接到了基因测序任务，紧急返回兰州，开始了全省的新冠病毒阳性病例标本的全基因组测序工作。除了全省新冠病例阳性标本的收集整理、二代测序，更重要的是负责所有全基因组序列的拼接、比对、分析、溯源和所有序列数据的报送等。截止11月7日15:30 ，甘肃省疾控中心基因测序团队累计完成19批共计115份鼻咽拭子标本的基因测序及拼接分析，获得108条全基因组序列。