CASP15全新赛道冠军，普美瑞生物复合物结构预测加快PROTAC管线推进( 二 )

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CoDock算法成功预测多种蛋白复合物体系三维结构
(图片由普美瑞生物提供)
目前， CoDock算法已经能够对蛋白质-蛋白质、蛋白质-小分子、蛋白质-核酸、抗原-抗体、蛋白质-多肽，以及PROTAC三元体复合物等多种复合物结构进行预测。并且，在不同的复合物类型中，团队也进行了相应算法的开发与调整，保证整个算法包中均有具体的算法去对应各种复合物的结构。
普美瑞生物官网截图
该算法包以生物大分子复合物结构预测技术平台MOL-Turing的形式，目前已在普美瑞生物官网上线，且该平台相关算法现已全部升级为本次CASP15比赛中获得冠军的最新版本。
自建小分子、抗体、PROTAC平台，满足设计、优化、验证
普美瑞生物将CoDock核心算法主要推广应用至三大场景，常规的小分子先导化合物发现平台，热门的抗体发现平台，以及全新的PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)分子设计平台。
全球范围内，目前尚无PROTAC药物正式获批，且其由于其复杂的分子结构而在成药性、安全性等方面颇具争议。 20年前， CraigM.Crews教授首次提出PROTAC ，该分子是一种杂合双功能小分子化合物，结构中含有两种不同配体，一个是泛素连接酶E3配体，另一个是与细胞中目标靶蛋白结合的配体，两个配体之间通过Linker相连，从而形成“三体”聚合物——靶蛋白配体-Linker-E3配体。
2020年， CraigM.Crews教授创立的Arvinas(ARVN.US)宣布两项自有管线进入临床试验阶段，并在临床I期的数据中展现出非常好的药学性质与疗效。这一结果无疑解开了行业内对PROTAC的诸多疑惑，国内外大批的PROTAC公司、管线也开始涌现。

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PROTAC分子设计平台流程以及实验结构复原效果
(图片由普美瑞生物提供)
普美瑞生物自2019年开始关注PROTAC ，并在2020-2021年间快速完成了基于CoDock的PROTAC分子设计平台。通过预测复合物结构，直接评估该PROTAC分子是否能够与E3酶和靶标蛋白形成比较稳定的复合物，并且预测该PROTAC分子的降解能力。在实际的项目研发中，该平台每设计出2-3个分子，就能找到1个活性特别好的PROTAC 。
同理，包括小分子先导化合物发现平台、抗体发现平台在内，如果能够在前期通过算法预测靶点与配体复合物的结合模式以及结合效率，就可以完成相应的筛选与优化。另外，普美瑞生物基于团队在分子生物学与细胞生物学的丰富研究经验，在内部建立起药效药理平台，以支持对平台设计分子的生物实验测评。
普美瑞生物通过先进算法建立起的优势决定了其能够响应各药物类型分子的研发，进行快速的分子设计与优化。
“FirstinClass”管线即将转化，未来算法仍为高壁垒核心竞争力
【CASP15全新赛道冠军，普美瑞生物复合物结构预测加快PROTAC管线推进】CASP15的惊喜表现，让普美瑞生物不论是在SaaS业务，还是在CRO业务方面，都有了在业内大展拳脚的机会。据悉，公司新一轮的融资计划也正在积极筹备中。
目前，普美瑞生物拥有自主知识产权的PROTAC管线在概念验证方面已经实现了全新靶点的降解，并在药学性质优化方面稳步推进。后续不论是通过合作开发，或是以LicenseOut的方式进行商业转化，都将有望成为该靶点FirstinClass的PROTAC 。
短期内，普美瑞生物的计算平台将会继续进行全面的开发与优化，全新的算法工具也将不断更新上线。管线方面，公司也计划在1-3年内完成1-2个创新药物研发管线的PCC或IND研发。