这些微生物从人一出生就开始生长，人体菌群计划的项目主管丽塔·普劳科特（Lita Proctor）说道 。当婴儿经过母亲的阴道时，就从母体的阴道菌群中获得了细菌 。“婴儿就是微生物磁石，”普罗科特博士说 。在出生后的两到三年中，婴儿的菌群渐渐成熟壮大，同时他们的免疫系统也日趋完善，懂得鉴别这些微生物是有益的，不去攻击它们 。
普罗科特博士补充说，经剖腹产手术出生的婴儿则会拥有不同来源的菌群，但随着菌群的逐渐成熟，这种差异性是会否一直存在尚属未知 。尽管这些细菌个头很小——在体积上它们只能达到一个人体细胞的1/100 - 1/10，但成年人的体内却携有1 - 2.5千克的细菌 。消化道尤其受细菌偏爱，被它们住得满满的 。

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