「青莲聚焦」肺癌研究中利用蛋白组学布局5-10分文章( 三 )

除差异表达分析外，分别对CP和CM进行sPLS-DA ，根据其表达模式鉴定适合亚型分类的蛋白质。分析结果是104种蛋白质在至少两种亚型之间显示出明显不同的特征。数据概述了六种在亚型中显示出显著丰度差异的蛋白质，同时也是FDA批准的药物靶标，即DDC（在SCLC-A中过表达）， EPHA2 ， ITAV和ITB1（对应于基因EPHA2 ， ITGAV和ITGB1 ，在SCLC-Y中过表达）， HDAC1（在SCLC-Y中下调）和KIT（在SCLC-P中上调）。这些标志物可能有助于未来的亚型诊断。

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前沿文献PART03
通常情况下，蛋白质组学分析的做法是处理新鲜冷冻的肿瘤组织。然而，由于新鲜冷冻标本的肿瘤收集在总样本数量方面会受到限制，并且这些样品往往缺乏足够长的随访信息，导致了其实际的研究意义受限。因此，福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)标本因其长期的稳定性与含有临床结果的常见信息等优势，成为回顾性研究中十分有吸引力的资源。

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标题：Comprehensivemicro-scaledproteomeandphosphoproteomecharacterizationofarchivedretrospectivecancerrepositories
期刊：NatureCommunications（IF=17.694）
文章摘要：

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技术策略：
评估了蛋白质组学在FFPE肺组织上关于蛋白质提取，定量，预分析和样本量的可行性。
1、比较蛋白质提取方案，使用性能较佳的方案从肺鳞状细胞和腺癌中深度检测（磷酸化）蛋白质组，具有>8000个定量蛋白质和>14000个磷酸化位点
2、通过微量蛋白组学方法，能够分析组织量有限的FFPE活检。
3、研究了分析前变量（包括固定时间和热辅助去交联）对蛋白质提取效率和蛋白质组覆盖率的影响。
改进的工作流程为肺癌中相关的癌基因、肿瘤抑制因子和信号通路提供了有关蛋白质丰度和磷酸化调控的定量信息。
结果速递：
首先比较了三种已发表的从FFPE样品中提取蛋白质的方案，由整体蛋白质组覆盖率、肺癌相关的蛋白质组覆盖率以及四次重复的高可重复性等方面的结果表明， SDS-SP3在三种测试方案中从肺癌FFPE样本中提取蛋白质的效果佳。
其次，对新鲜冷冻与福尔马林固定标本的蛋白质组进行直接比较，结果显示蛋白质鉴定没有重大差异，其对蛋白质鉴定质量的影响很小。使用新鲜制备的福尔马林固定细胞进行的细胞系实验也显示，与新鲜冷冻材料相比，蛋白质组和磷酸蛋白质组覆盖率只有很小的差异。表明对于大型临床FFPE队列的蛋白质组学分析的研究设计，固定时间不一定是选择标准。同时TMT技术可以成功应用于临床FFPE样本，提供有关蛋白质表达和磷酸化水平的相关信息。并且TMT方法非常适合对切除的FFPE组织进行研究，通过优化TMT技术使得即使是少量样本也能实现深度蛋白质组覆盖。对于切片的FFPE组织，通过TMT实验可以定量检测到8000多种蛋白质和超过14000个磷酸化位点。
之后对常用FFPE蛋白质提取方案、蛋白质组学量化方法和不同FFPE样本类型的样本量要求进行系统比较，指出LFQ只需要少量的样本进行蛋白质组分析，样本制备时间相对较短，在质谱仪上每个样品的测量时间少。因此， LFQ特别适合研究中等覆盖率的数百个样本的大型队列。然而，对于磷酸化蛋白质组分析，由于对每个样本的样本量要求相对较高，该方法受到限制。 TMT方法可提供更深的蛋白质组和磷酸化蛋白质组，但考虑到用于标记、分级和脱盐的额外样品处理步骤，需要相对较高的样本量和更多的样本制备时间。而微尺度TMT方法的一个明显优势就是它提供了对蛋白质组和磷酸蛋白质组水平的深入覆盖的同时，又不需要较高的样本量，从而能够对非常小的临床标本（例如针芯活检）进行全面的蛋白质组学表征。