这一简单的分析结果其实给我们提供了很多信息：
1.细胞外基质变化是肿瘤免疫逃逸重要的一种方式（下次给大家讲讲如何利用免疫逃逸的几种不同机制设计课题） ， 其中包括胶原、糖蛋白等多种成分 ， 因此根据细胞外基质通路富集这一结果就能够提出这样的科学问题：某细胞外基质调控蛋白（主角分子）是否通过细胞外基质提高MIBC肿瘤细胞的联合治疗抵抗 ， 促进免疫逃逸？
2.再根据KEGG富集到的经典通路我们发现 ， IL-17和细胞因子/受体互作通路是密切相关的 ， 而IL-17是免疫调节因子 ， 激活免疫细胞的MAPK通路（这不就连上了） ， 因此MIBC联合治疗抵抗也能往T细胞功能抑制/耗竭方向探究机制 。
3.再者 ， TNF信号通路与细胞程序性死亡密切相关 ， 尤其是凋亡、坏死性凋亡 ， 那么也可以往肿瘤细胞抑制自身程序性死亡或诱导周围其它细胞死亡的角度设计课题 ， 从而可以串起化疗和免疫治疗 ， 呼应联合治疗抵抗的问题 。

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图2联合治疗下响应和非响应患者样本的普通转录组测序分析
再来看看单细胞测序数据 。 这个分析是基于对MIBC患者单独进行免疫检查点抗体（替雷利珠单抗）治疗展开的 ， 主要将治疗响应和非响应患者的肿瘤细胞进行亚群细分并比较 。 这在之前的一些肿瘤单细胞分析文章中很少出现 ， 算是比较独特的角度 。 文中把细胞分为5个亚群 ， 四种类型 ， 分别是中性粒细胞亚群（中性粒细胞调控通路高富集）、RNA分解代谢亚群（RNA分解代谢通路高富集）、RNA剪接亚群（RNA剪接通路高富集）和细胞周期亚群（细胞周期改变相关通路高富集） 。 其中 ， 细胞周期亚群治疗抵抗组中的占比显著降低（H） 。
这个结果也很有看点 。 首先 ， 肿瘤的主要特征是有旺盛的分裂能力 ， 对应活跃的细胞周期 。 然后这个结果显示 ， 在治疗抵抗患者肿瘤内 ， 可能是由于化疗和免疫治疗的双重压力下 ， 细胞开始调整细胞周期以躲避治疗 ， 那么我们就能提出问题：联合治疗抵抗的细胞细胞周期蛋白是否下调表达？肿瘤是否会趋向于向休眠方向发展？因而就可以提出“肿瘤细胞休眠和MIBC新辅助联合治疗抵抗的关系”的课题方向 ， 相信也是颇具创新性的 。

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图3免疫治疗下响应和非响应患者的肿瘤细胞单细胞测序分析
03
有了课题思路需要怎么做？
以上就是通过这篇临床研究能够拓展的课题方向了 ， 但是有了思路之后呢？
当然是开始验证呐！
如果自己刚好能接触到和文中治疗方案一致（或类似）的样本 ， 不要犹豫 ， 通路检测和免疫荧光赶紧做起来！如果刚好能筛选到合适的主角分子进一步研究 ， 那么无论对于发表文章还是国自然 ， 想必都是非常好的课题 。
如果手头上接触不到相关的样本 ， 或者并没有肿瘤免疫相关的研究基础也没有关系！相关的思路已经有了 ， 那运用类似思路针对自己已有样本当然也可以一样研究一波（毕竟现在测序成本已经比较低） 。 实在不行 ， 每年新发表的临床文章那么多 ， 只要学会了方法 ， 挖掘出新颖的、有价值的、与临床问题紧密结合的课题方向还会远吗？
总之 ， 已发表的临床数据是我们发现课题、挖掘国自然科学问题、提升课题研究价值非常好用的工具 ， 大家千万不要浪费呀！
原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/z7mma2noJRlGqsFDkDU08g返回搜狐 ， 查看更多
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