值得注意的是，正常情况下，人体内褪黑素的含量比较少，如过多服用褪黑素，会导致人体内甲状腺素、肾上腺素浓度相对降低，使人精神不佳、困倦欲睡，此时注意力容易分散，反应力减缓，敏感度降低。另有研究表明，褪黑素有一定的抑制排卵作用，可能会影响生育能力。还会使抑郁症患者多梦、噩梦、易惊醒，患者心情持续低落，加重睡眠障碍的病情。
潘集阳也指出，褪黑素对因昼夜节律紊乱或褪黑素缺乏导致的睡眠障碍确实有改善效果，但也没有广告宣称的那么夸张，也没有神奇到能够治疗各类失眠的魔力，且并不适合长期使用。
另外，褪黑素受光线的影响很大。潘集阳说，“我们的身体有昼夜生物节律，一般从傍晚开始，褪黑素分泌增加，到了凌晨达到高峰。如果晚上10:00以后还在看手机、玩电脑，在蓝光的作用下，身体里褪黑素分泌就会减少，我们的睡意自然就会受到影响。”因此，专家提醒大众，理性看待各类保健品的保健效果，同时在睡前少玩电脑手机。
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