亚型|单细胞测序最新研究进展(2021年7月）细胞|研究进展|肿瘤|RNA-seq|免疫

【亚型|单细胞测序最新研究进展(2021年7月）】01 nature communications
《单细胞 RNA 测序显示了 HBV 相关肝细胞癌的免疫抑制情况和肿瘤异质性》

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https://www.nature.com/articles/s41467-021-24010-1
肿瘤微环境中肿瘤细胞和免疫细胞之间的相互作用在癌症发展中很重要。传统策略主要在大块肿瘤水平上进行研究，并且在提供关于位于高度混合的 TME 中的单个细胞的精确信息方面具有固有的局限性。
单细胞测序提供了一个重要的平台来研究癌症。在这里，我们使用单细胞RNA测序分析来描述HBV相关的人类肝细胞癌（HCC）患者队列中的免疫景观和肿瘤异质性。
我们发现肿瘤相关巨噬细胞抑制肿瘤T细胞浸润， TIGIT-NECTIN2相互作用调节免疫抑制环境。免疫细胞向更具免疫抑制和穷尽状态的细胞状态转变是促进癌症的整体免疫细胞景观的例证。

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HCC 中的免疫检查点分析涉及TIGIT-NECTIN2相互作用。
图片来源：nature communications
此外，整体分子分布的异质性揭示了肿瘤内和肿瘤间异质性的共存，但后者更为明显。这种免疫抑制景观和细胞间相互作用的分析为设计有效的肝癌免疫肿瘤学治疗提供了机制信息。
02 Nature Methods
《具有组合流体索引的超高通量单细胞 RNA 测序和扰动筛选》

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https://www.nature.com/articles/s41592-021-01153-z
细胞图谱项目和高通量扰动筛选需要以当前技术具有挑战性的规模进行单细胞测序。为了对数百万个单个细胞进行经济高效的单细胞测序，我们开发了“单细胞组合流体索引”（scifi）。
scifi-RNA-seq 分析将透化细胞内整个转录组的一步组合预索引与随后使用微流体的单细胞 RNA-seq 相结合。预索引允许我们为每个液滴加载多个细胞，并通过计算解复用它们的单个表达谱。因此， scifi-RNA-seq 大大提高了基于液滴的单细胞 RNA-seq 的吞吐量，并提供了一种在单个实验中复用数千个样本的直接方法。
与多轮组合索引相比， scifi-RNA-seq 提供了一个简单高效的工作流程。与标记和丢弃包含多个细胞的液滴的细胞散列方法相比， scifi-RNA-seq 解析并保留来自过载液滴的单个转录组。
我们在各种人类和小鼠细胞系上对 scifi-RNA-seq 进行了基准测试，针对原代人类 T 细胞对其进行了验证，并将其应用于具有 T 细胞受体激活的单细胞转录组读数的高度多重 CRISPR 筛选。

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scifi-RNA-seq 通过单细胞转录组读数实现大型多重扰动筛选
图片来源：Nature Methods
03 PNAS
《肾细胞癌的单细胞分析揭示了对肿瘤微环境、细胞起源和治疗反应的见解》

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https://www.pnas.org/content/118/24/e2103240118
肾细胞癌 (RCC) 的不同亚型显示出广泛的组织形态学、蛋白质基因组学改变、免疫细胞浸润模式和临床行为。描绘不同 RCC 亚型的起源细胞将提供对其不同病理生物学的机械见解。
在这里，我们采用单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 来开发良性和恶性肾细胞图谱。使用在该细胞图谱上训练的随机森林模型，我们预测了 10 多种 RCC 亚型的假定起源细胞。
scRNA-seq 揭示了肾癌最常见亚型透明细胞 RCC (ccRCC) 中肿瘤微环境的几个属性；我们阐明了肿瘤上皮细胞在促进免疫细胞浸润方面的积极作用，这可能解释了为什么 ccRCC 对免疫检查点抑制剂有反应，尽管新抗原负担较低。此外，我们表征了高内皮细胞类型与 ccRCC 中对免疫疗法缺乏反应之间的关联。