亚型|单细胞测序最新研究进展(2021年7月）( 三 ) 细胞|研究进展|肿瘤|RNA-seq|免疫

06 nature communications
《通过独立于基因注释的单细胞 RNA 测序分析发现转录暗物质》

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https://www.nature.com/articles/s41467-021-22496-3
基因注释是使用同源性分析生成的，根据实验证据进行更新，并针对人类、小鼠和斑马鱼等特定生物进行手动管理。对于不太经常研究的生物体，可用的 RNA-seq 数据集较少。
传统的 scRNA-seq 表达分析依赖于高质量基因组注释的可用性，然而，正如我们在此展示的 scRNA-seq 实验和分析跨越人类、小鼠、鸡、鼹鼠、狐猴和海胆，基因组注释通常是不完整的，特别是对于未进行常规研究的生物体。
为了克服这个障碍，我们创建了一个 scRNA-seq 分析程序，通过对基因组中检测到转录产物的任何区域执行 scRNA-seq 分析，恢复超出最佳可用基因组注释范围的生物学相关转录活性。
我们的工具为所有转录活性区 (TAR) 生成单细胞表达矩阵，执行单细胞 TAR 表达分析以识别具有生物学意义的 TAR ，然后使用基因同源性分析注释 TAR 。
该过程使用单细胞表达分析作为过滤器，将注释工作引导到具有生物学意义的转录本，从而揭示 scRNA-seq 否则将处于黑暗中的生物学。

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绘制鸡胚胎心脏中 uTAR 表达的空间转录组学
图片来源： nature communications
07 nature communications
《通过配对单细胞 RNA 测序和抗原受体分析揭示的乳腺癌浸润 B 淋巴细胞图谱》

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https://www.nature.com/articles/s41467-021-22300-2
为了获得对肿瘤浸润免疫细胞，尤其是 B 淋巴细胞的功能和发育动力学的机制见解，我们结合单细胞 RNA 测序和抗原受体谱系分析来表征大量三阴性乳腺癌浸润免疫细胞并报告了肿瘤浸润 B 淋巴细胞的综合图谱。
单细胞转录谱揭示了肿瘤浸润 B 细胞亚群的显着异质性。单细胞抗原受体分析表明，与外周血B细胞相比，肿瘤浸润B细胞具有更成熟和记忆性B细胞特征、更高的克隆性、更多的类别转换重组和体细胞超突变。
综合分析表明，乳腺肿瘤内浸润的记忆 B 细胞的局部分化；基于单细胞 RNA 测序结果的 B 细胞特征与改善乳腺癌患者的生存率显着相关。

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基于单细胞 RNA-seq 结果的 B 细胞特征与提高 TNBC 患者的生存率显着相关，并提供比经典单 B 细胞标记物更好的预后。
图片来源：nature communications
肿瘤浸润 B 细胞群的功能分析表明，从机制上讲， B 细胞亚群可能通过各种途径促进免疫监视。进一步解剖肿瘤浸润的 B 细胞群将为肿瘤免疫治疗提供有价值的线索。
08 science Translational Medicine
《通过拆分池条形码进行微生物单细胞 RNA 测序》

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https://stm.sciencemag.org/content/13/578/eabe8146
详细了解严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）感染的动力学对于揭示导致冠状病毒病（COVID-19）发病的病毒和宿主因素非常重要。
旧大陆的非人灵长类动物再现了轻度到中度的COVID-19病例，因此可以作为重要的发病机制模型。我们比较了非洲绿猴接种传染性非典型冠状病毒-2或辐照，灭活病毒，以研究整个呼吸道病毒复制的动力学。