胰腺导管腺癌细胞学样本进行NGS检测可行吗？( 二 )

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表1.可切除PDAC患者（队列1）的基线特征
研究结果
可切除PDACFFPE组织样本分子检测
获取了SanRaffaele医院存档的77例PDAC手术样本（队列1）。 70/77例FFPE样本检测成功（成功率为90%）：4例不符合纳入标准（3例肿瘤细胞含量不足， 1例DNA量少）， 3例中位测序深度不足（<500）。检测结果如图1所示。有趣的是， 69/70例患者至少检出1个具有临床意义的基因突变， KRAS、TP53、CDKN2A和SMAD4突变频率较高（分别为93%、53%、14%和17%）。

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图1.可切除PDAC患者（队列1）手术样本基因突变检测结果
此外， 14%的（10/70）患者检出HR通路突变：ATM突变4例， BRCA1突变2例， BRCA2突变3例， NBN突变1例（图1）。有趣的是，仅1/10例（10%）HR相关基因突变患者存在TP53突变，而36/60例（60%）HR野生型患者存在TP53突变（P=0.0047）。
在HR缺陷型患者中，铂基化疗后， 8/10例（80%）患者疾病特异性生存期（DSS）长于各自相应治疗方案组中位DSS ，一半患者仍然活着（最短随访期44个月；最长随访期92个月）。只有2例患者DSS短于各自相应治疗方案组中位DSS（图2）。

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图2.同源重组（HR）相关基因突变患者疾病特异性生存期（DSS）泳道图
9/70例（13%）患者致癌基因或细胞周期相关基因存在CNV：频率最高的是MYC（3/70；4%），其次是ERBB2（2/70；3%）。此外，还有CCND3、CDK6、CKD12、MYCN、MYCL、AKT2、FGFR1、FGFR4和IDH2（图1）。由于FISH仍是检测CNV的金标准，我们通过FISH对所有NGS拷贝数扩增进行验证：均得到证实（一致性为100%）。
基于这些结果，我们发现14/70例（20%）患者存在潜在可治疗突变：10例存在HR相关基因突变， 2例FGFR1–4扩增， 1例ERBB2扩增， 1例同时存在KRASp.G12C突变和ERBB2扩增。
可切除PDAC细胞学涂片分子检测
接下来，分析了FFPE手术样本突变检出情况是否与诊断时获取的相应EUS-FNA样本匹配。为此，获取了SanRaffaele医院病理科存档的56例染色的细胞学涂片（队列1）。 47/56例细胞学样本中检测成功（成功率84%），表明H&E染色对DNA质量没有显著影响。
9例样本DNA量不足以进行NGS检测。 4例患者由于相应组织学样本检测失败，没有进行比较。检测结果如图3所示。 38/43例（88%）组织学样本检测结果与相应细胞学涂片完全一致，表明靶向NGS能够检出细胞学样本中潜在的具有临床意义的变异。 5例患者组织和细胞学样本检出不同的分子变异：患者11仅细胞学样本检出低丰度（5%）TP53突变；患者56仅组织学样本检出PTEN突变（丰度10%）；患者79、88和104仅组织学样本检出KRAS突变（丰度5%）。

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图3.可切除PDAC患者（队列1）细胞学涂片基因突变检测结果
不可切除PDAC细胞学涂片分子检测
由于大多数PDAC患者病灶不可切除，本研究纳入了20例只有细胞学样本可及的不可切除PDAC患者（队列2）。所有样本均检测成功（成功率100%）。检测结果如图4所示。与队列1的结果一致， KRAS、TP53、CDKN2A和SMAD4突变频率较高（分别为80%、45%、15%和5%）。

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图4.不可切除PDAC（队列2）基因突变检测结果
最重要的是， 2/20例（15%）患者存在潜在可用药突变：KRASp.G12C错义突变、BRCA2p.S1970*无义突变和ERBB2p.R678Q错义突变。