胰腺导管腺癌细胞学样本进行NGS检测可行吗？( 三 ) _健康小知识

讨论
近年来，胰腺癌发病机制和生物学研究领域取得了重大进展。几项研究表明，基因突变情况影响肿瘤行为及对靶向基因突变、DNA修复缺陷、肿瘤微环境和免疫检查点的治疗的敏感性。目前，临床实践中并没有对所有PDAC患者系统地进行分子检测，导致能够指导个体化治疗方案的生物标志物被忽视。
本研究旨在评估临床实践中使用NGS对可切除和不可切除PDAC患者进行肿瘤分子检测的可行性。本研究使用161基因panel成功检测了FFPE组织样本和细胞学涂片，支持NGS检测在临床中的应用。 NGS检测的周转时间短至5个工作日。
NGS具有前景，本研究中3个数据集检测成功率较高（可切除PDACFFPE组织， 90%；可切除PDAC细胞学涂片， 84%；不可切除PDAC细胞学涂片， 100%），两种样本间的一致性较高（FFPE组织与细胞学涂片一致性88%），变异检出率较高，除1例样本外，所有检测样本均检出至少1个具有临床意义的基因变异。
值得注意的是， 14%的可切除PDAC患者存在HR通路基因变异，且与相应治疗组的中位DSS相比， DSS显著改善。我们不仅观察到BRCA1和BRCA2基因突变，还有ATM和NBN突变。几项临床试验表明， DNA损伤药物和PARP抑制剂在HR缺陷型PDAC中疗效较好。因此， 2019年， NCCN指南推荐所有PDAC患者行胚系突变检测，局部晚期或转移性PDAC患者行肿瘤基因检测。由于PDAC中发现的体细胞突变比例高于胚系突变，将HR相关基因突变状态评估扩展到体细胞水平，可以识别更多能从靶向治疗方案中获益的患者。
本研究中13%的可切除PDAC患者NGS检出CNV ，其中MYC和ERBB2频率较高。尽管PDAC患者中扩增发生率较低，但这些变异可能与靶向治疗有关。特别是， ERBB2靶向治疗方案在ERBB2阳性乳腺癌和胃癌中显示出疗效，新的数据表明了其在多种癌种中的疗效，包括胰腺癌。有趣的是， 2例可切除PDAC患者检出FGFR1和FGFR4扩增，目前有临床研究正在评估FGFR抑制剂在不同癌种中的疗效。
此外，本研究表明， H&E染色的细胞学涂片为PDAC患者全面分子检测提供了较好DNA来源，表明了不适宜手术切除的患者进行分子检测的可能性。本研究中，不可切除PDAC的突变特征与可切除PDAC类似：两个队列中KRAS、TP53、CDKN2A和SMAD4突变发生率相似。此外，我们发现3/20例（15%）患者存在可治疗变异：KRASp.G12C突变、ERBB2错义突变和BRCA2无义突变。目前，针对这些变异有可及的靶向治疗方案，提示不可切除PDAC患者细胞学样本分子检测结果可用于指导个体化治疗方案。
尽管如此，胰腺癌存在高度肿瘤内异质性，不同的肿瘤亚克隆可能具有不同的分子特征。 5例患者组织和细胞学样本分子检测结果不一致。 4例患者仅手术组织样本检出低丰度突变， 1例患者仅细胞学样本检出低丰度TP53突变。这些差异不太可能是由于NGS检测下限（丰度>5%）所致，因为所有不一致的样本肿瘤细胞占比都大于20% 。分子检测结果的差异很可能是由于PDAC肿瘤内异质性所致：细胞学样本中的肿瘤细胞数量较少，代表的肿瘤克隆可能与更具代表性的手术样本不同。
值得注意的是，有患者由于DNA质量和数量不足，无法进行分子检测：福尔马林固定时间过长会影响FFPE样本DNA质量，应当避免。在队列1中的4例患者，相应的细胞学样本足以进行NGS检测，但组织学样本检测失败。
几项研究比较了细针穿刺抽吸（FNA）与细针穿刺活检的性能，结果相互矛盾。在我院， EUS-FNA随后ROSE是常规进行的，因为能够实时检查用于诊断和后续检测的样本是否充足，减少了非诊断程序。此外， FNA样本肿瘤含量通常高于细针穿刺活检，细针活检样本中基质和非肿瘤成分会稀释肿瘤比例。最后，乙醇固定可以保持DNA完整性，优于福尔马林。