胰腺导管腺癌细胞学样本进行NGS检测可行吗？

胰腺导管腺癌（PDAC）具有高度侵袭性，无论肿瘤可切除性如何，及时发现可用药和预后相关变异，推动治疗决策非常关键。超声内镜引导下细针穿刺抽吸活检术（EUS-FNA）对于PDAC诊断和肿瘤分子检测很重要。本研究使用NGS对2个独立的PDAC患者队列进行全面基因检测。队列1由77例可切除PDAC患者组成，切除的组织学样本可及， 56例患者在诊断时还通过EUS-FNA获得了细胞学样本。队列2由20例不可切除PDAC患者组成，只有EUS-FNA细胞学样本可及。在队列1中， 88%的患者诊断时获取的细胞学样本和相应术后组织学样本突变检出情况完全一致，证明了NGS检测细胞学样本中潜在的具有临床意义突变的能力。值得注意的是， 20%的患者检出了可用药突变。在队列2中，所有样本均检测成功。与队列1的结果一致， KRAS、TP53、CDKN2A和SMAD4是高频突变基因。最重要的是， 15%的患者检出可用药突变。本研究表明，手术样本和细胞学样本均可用于NGS检测，临床上可对所有PDAC患者进行全面分子检测，无论病灶可切除性如何。

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研究背景
2020年，胰腺导管腺癌（PDAC）是发达国家癌症相关死亡的第三大原因。手术是PDAC唯一可治愈选择，但只有20%的患者适宜进行手术切除，其余80%的患者确诊时已发生远处转移或为局部晚期，通常对大多数治疗方案具有抗性。
全外显子组和全基因组研究揭示了PDAC复杂的基因突变谱， KRAS、TP53、CDKN2A和SMAD4这4个基因突变频率较高，其他基因突变频率较低。目前，同源重组（HR）DNA修复通路缺陷引起了人们的兴趣，因为DNA损伤或靶向HR药物或许可以治疗HR缺陷肿瘤，最近一项正在进行的奥拉帕利治疗胰腺癌的III期试验显示了这一点，基于此， PARP抑制剂奥拉帕利获批用于治疗胚系BRCA突变的转移性PDAC患者。因此，发现可靶向用药的分子变异可以改善这种致命癌症患者的生存结局。
与其他癌症类型相比，胰腺癌分子特征研究及相关应用的进展相对缓慢，与数量和质量佳的样本的可及性相关。首先，多数患者确诊时为晚期，不可手术切除，因此可用于前瞻性或回顾性研究的手术样本可及的患者数量有限。第二，当手术PDAC样本可及时，通常进行福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE），这是病理实验室的标准做法。尽管新鲜冻存组织是分子检测的最佳选择，因为保存了核酸质量，但福尔马林固定会导致碎片化和序列伪影，降低核酸质量。鉴于PDAC具有侵袭性，临床迫切需要及时发现可用药和预后相关变异，以推动治疗决策，无论肿瘤可切除性如何。尽管只有少数患者手术组织样本可及，但大多数患者在影像学检查中进行了穿刺活检。我院对胰腺病变患者常规进行超声内镜引导下细针穿刺抽吸活检术（EUS-FNA），作为用于诊断的首选方法。研究表明， EUS-FNA在诊断胰腺病变方面，灵敏度为85% ，特异性为96% 。 EUS-FNA也为分子检测提供了宝贵材料，尽管量很少。此外，由细胞学专家进行现场快速评价（ROSE），实时判断EUS-FNA样本是否适用于随后的分子检测。对EUS-FNA样本进行及时可靠的分子检测，能为临床医生提供额外的有价值的信息，帮助他们制定管理决策。
本研究评估了商用DNANGSpanel检测PDAC患者FFPE手术样本和EUS-FNA样本的可行性及临床时效性。我们还通过比较配对样本的一致性，评估了该方法从有限FNA样本中检出有临床意义变异的可靠性。
研究方法
使用OncomineComprehensiveAssayv3DNApanel对2个独立的可切除和不可切除PDAC队列患者进行检测，评估161个癌症发生发展相关基因突变状态。使用荧光原位杂交（FISH）对NGS显示拷贝数扩增的FFPE肿瘤组织样本进行验证。队列1由77例可切除PDAC患者（临床病理特征见表1）组成，切除的组织学样本可及， 56例患者在诊断时还通过EUS-FNA获得了细胞学样本。队列2由20例不可切除PDAC患者组成，只有EUS-FNA细胞学样本可及。